В последнее десятилетие государством предпринимаются меры по стимулированию инноваций в сельском хозяйстве. Однако уровень научно-технологического развития отрасли не отвечает общественным потребностям. Инновационная активность сельскохозяйственных товаропроизводителей ниже, чем в среднем по экономике. Импорт сельскохозяйственных технологий существенно уступает экспорту, что создает риски для продовольственной безопасности. В статье анализируются проблемы научно-технологического развития аграрного сектора и обосновываются пути их решения: преодоление ведомственной разобщенности в организации управления аграрной наукой; рост объемов и оптимизация структуры финансирования сельскохозяйственных исследований; реорганизация сети государственных аграрных НИИ и опытных хозяйств; стимулирование притока в аграрную науку молодых ученых.