Биомедицина – одно из наиболее динамично развивающихся направлений медицины, связанных с диагностикой. Метод капиллярного электрофореза (КЭ) широко используется для выявления различных заболеваний. Важной областью применения КЭ стала фармацевтика, в особенности оценка энантиочистоты лекарственных препаратов. Достоинства электрофоретического метода включают широкие возможности автоматизации и миниатюризации анализа, использование небольших объемов образцов (несколько нл), совместимость с масс-спектрометрическим детектированием, а также доступность оборудования и расходных материалов. В данном обзоре обобщены сферы применения КЭ в биомедицине, включая протеомные и метаболомные исследования, а также рассмотрены основные перспективы метода с точки зрения предельной миниатюризации и автоматизации энантиомерного анализа, в том числе использования достижений микроэлектроники и микрофлюидных систем.