Современная инновационная экономика базируется на знаниях и технологиях, активно интегрируемых в процессы производства, мониторинга и управления. В этой связи территориальная близость и отраслевая комплементарность деятельности научно-технологических и промышленных организаций - важнейший фактор активизации инноваций. Цель данной статьи - оценить связь хозяйственной и научной специализации региона с уровнем его инновационного развития. Объектом изучения выступил отраслевой и научно-исследовательский профиль экономики российских регионов, а предметом - сила связи между ними. В процессе исследования решались задачи по определению и количественной оценке научно-технологической и экономической специализации субъектов РФ в разрезе видов деятельности, а также по определению пространственных и структурных закономерностей межрегионального распределения и концентрации научно-технологической и инновационной активности. Методика исследования основывалась на сопоставлении данных об объеме выпуска продукции по подгруппам ОКВЭД и сведений о затратах и реализации НИОКТР, полученных на основе авторской методики соотнесения кодов рубрикатора ГРНТИ и ОКВЭД. Всего проанализированы данные о 17,3 тыс. научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ за 2017-2021 гг. по 18 тематическим направлениям. По каждому из регионов рассчитаны коэффициенты специализации в сфере спроса и предложения результатов НИОКТР, а также производства. По результатам эконометрического анализа выделены четыре кластера субъектов РФ на основе их научно-промышленной специализации: агропромышленный, машиностроительный, точного машиностроения, диверсифицированный. Обосновано наличие связи между объемом выпуска инновационной продукции в регионе и структурой его инновационной экономики.