Обоснован научный подход к разработке методологии исследования устойчивого развития региональных социо-эколого-экономических систем. Описан вклад в ее формирование системного, эволюционного и функционально-ориентированного подходов. Рассмотрены достоинства, недостатки и ограничения данных методологических подходов к научному описанию исследуемых объектов. Систематизированы взгляды исследователей на уровни иерархической структуры социально-экономических систем. Отмечена целенаправленность поведения системы и наличие «входов» в виде необходимых ресурсов и «выходов» в виде результатов, на которые направлена региональная политика в области устойчивого развития. Предложение автора, имеющее научную новизну, заключается в комплексном рассмотрении региона как открытой, динамической системы мезоуровня, обладающей целостностью, взаимосвязанностью элементов и другими системными свойствами, проявляющимися при их взаимодействии и оказывающих влияние на функционирование систем других уровней (макро-, микро- и т. д.), эволюционно изменяющихся во времени, учитывающих глобальную, национальную и региональные стратегии устойчивого развития. Предложенная методология является интегративной по ряду оснований: 1) предусматривает локализацию ЦУР с глобального до регионального уровня; 2) учитывает взаимодействие социальной, экологической, экономической и институциональной подсистем; 3) предполагает взаимосвязь науки, управления и гражданских инициатив. При этом ключевым интегратором являются цели устойчивого развития ООН. Данная методология является логической основой для дальнейшей разработки методического инструментария, диагностирующего количественные и качественные процессы позитивных изменений региональных систем и позволяющего прогнозировать их дальнейшее состояние в контексте устойчивого развития. В этом заключается ее практическая значимость и применимость в прикладных целях.